Podstawowym celem terapii EMDR jest odnalezienie przyczyn obecnych problemów w przeszłości, powiązanie ich ze sobą, przetworzenie przy pomocy techniki dwustronnej stymulacji oraz nadanie im nowego, funkcjonalnego znaczenia. Metoda stosowana była początkowo głównie do leczenia zespołu stresu pourazowego (PTSD), z czasem badania potwierdziły jednak jej skuteczność w znacznie szerszym zakresie zaburzeń lękowych, obsesyjno- kompulsywnych, a nawet w depresji. Od lat EMDR stosuje się więc z powodzeniem w leczeniu psychologicznych traum, wynikających z różnego rodzaju trudnych doświadczeń, jak również w przypadku drobnych urazów psychicznych, których wspomnienie wiąże się z bólem i cierpieniem.